吃事後避孕藥的副作用，一般會延續1-2個月經周期，事後避孕藥是女性沒有採取確切的避孕措施，而發生了無保護的性生活之後，在性生活以後的72小時之內，也就是3天之內，進行補救的避孕方式。
事後避孕藥，在不同的月經時期來服用，對於月經的影響不一樣，所以女性服用事後避孕藥以後，可能會影響1-2次的月經來潮，可能會出現月經提前，或者月經延遲的現象，也可能會導致月經淋漓不盡、陰道出血的現象。
所以建議如果實在是沒有生育要求的女性，還是要儘量採取一些確切、可靠的避孕措施，包括口服短效避孕藥，以及安置避孕環避孕，這些避孕措施，避孕有效率都可以達到99%以上，而事後避孕藥可能會導致避孕失敗。
一旦服用事後避孕藥以後，出現月經的異常或者有異常的陰道出血，一定首先要排除懷孕，因為事後避孕藥，可能會出現意外懷孕。
事後避孕藥的副作用是導致出血或者噁心、嘔吐，甚至避孕失敗。如果出現噁心、嘔吐，一般24小時左右就會好轉。如果發生出血，一般量不多也不用做特別處理，可能1-3天也就好轉了。規定時間內服用，比如RU486成分的事後避孕藥需要在行房後120小時之內服用。孕激素和雌孕激素成分的事後避孕藥，需要在行房後的72小時之內服用，用藥後如果在兩個小時之內出現嘔吐需要再補服。
40歲以上的女性，或者有嚴重的肝腎功能損傷、乳癌、生殖道癌症，或者高血壓病、心臟病等疾病的女性不能服用事後避孕藥。服用之後如果出現月經延遲必須要排除懷孕的可能性，因為事後避孕藥有失敗的可能。
事後避孕藥的副作用可能會持續2-3個月，甚至更長時間，所以不建議常規使用事後避孕藥進行避孕。事後避孕藥即左炔諾孕酮，含有的避孕成分較大。正常情況下，常規的短效口服避孕藥，需要在來月經5天內開始口服，每天服用1粒，每個月至少服用21天，才能達到避孕效果。而事後避孕藥在行房後72小時內服用1次，即可達到避孕效果，提示藥效較強、作用較大，此藥劇烈作用後所導致的後遺症會引起月經失調，部分較敏感的女性可能會月經失調，持續2-3個月才能恢復。
因此，不建議常規使用事後避孕藥進行避孕，1個月內儘量只使用1次，而且需要在特殊、不可避免的情況下才能使用。應該使用常規的避孕方法，如工具避孕、口服避孕藥，或節育器進行避孕。對於40歲以上女性，卵巢功能有所下降，服用事後避孕藥較可能發生月經失調，因此說明書提示40歲以上女性不建議服用。