扁桃腺發炎化膿的病程一般為1-2週，如果引起併發症，時間可能會更長。
扁桃腺發炎化膿的病因大部分是細菌感染，還有少部分病人是病毒感染引起。所以扁桃腺發炎化膿要對症治療，以免引起併發症。常見併發症有扁桃腺周圍炎、扁桃腺周圍膿腫，再進一步的可以導致咽旁膿腫，還可能引起中耳炎，因為耳咽管咽口開在咽部，咽部炎症或者扁桃腺炎症會影響耳咽管咽口，引起中耳炎，還有引起下呼吸道感染的可能，或者逆行性炎症導致鼻炎、鼻咽炎。如果引起相應的併發症，治療時間可能會為2-3週。
所以扁桃腺發炎化膿時要對症治療，根據化驗的血液常規、紅血球沉降率、C-反應蛋白等指標對症用藥。如果是細菌感染引起，可以用青黴素類抗菌素。如果是病毒感染導致，可以加強支持治療，症狀嚴重時可以口服或者靜脈應用抗病毒藥物。
扁桃腺化膿一般持續3-5天，就能夠慢慢好轉，一般7天左右能夠完全控制，但是有一些病人如果用藥以後控制的不好，發燒可能會持續。
有的病人第5天體溫還是很高，如38-39℃，病人張口困難、咽痛加劇，伴有脖子痛等情況。扁桃腺化膿主要是指急性化膿性扁桃腺炎，病人會有高燒，會有咽部劇痛，進食後咽痛非常明顯，局部有堵的感覺，這種情況一般用抗生素口服，嚴重的可能要進行抗生素的靜脈給藥。如果病人伴有脖子痛，可能說明有併發症，要儘早到醫院來複查。
當病人出現扁桃腺化膿性時，需要忌口，避免吃一些辛辣、刺激、上火的食物，比如辣椒、膨化食品、瓜子炒貨等等，還需要避免吃一些辛溫性和海鮮類食物，如大蒜、生薑、魚蝦等不能大量食用。
扁桃腺發炎化膿需要儘早治療，充分治療一週可以完全緩解症狀。
扁桃腺發炎化膿，症狀比較重會有全身的症狀，發高燒38.5℃以上，局部檢查扁桃腺充血、水腫、表面有膿液。需要儘快治療，遵醫囑全身應用抗生素，靜脈點滴頭孢類，咽腔用淡鹽水沖洗，並且口服清熱解毒類的藥物聯合治療。如果在初期治療不充分，或者沒有重視可以引起扁桃腺炎發作加重，嚴重的情況可以引起扁桃腺周圍炎，以及扁桃腺周圍膿腫。
除積極的抗感染治療外，病人還要注意休息，避免疲勞和熬夜，注意口腔衛生，每天早晚要刷牙漱口，清淡飲食，與家人做適度的隔離，防止出現傳染。
扁桃腺發炎化膿經過綜合治療，一般在7天左右能夠明顯控制症狀，10天以內能夠完全的痊癒。
扁桃腺的發炎化膿，通常是因為急性化膿性扁桃腺炎，病人會有高燒，有咽喉部劇痛，影響進食，甚至影響說話。如果不治療，可能會使扁桃腺遷延不愈，引起併發症，像扁桃腺周圍炎或周圍膿腫等等。所以遇到這種情況一定要到醫院進行就診，會用到抗生素，像頭孢或阿奇，可口服或靜脈給藥，局部用含片、漱口水，也可以加用治療咽喉炎的中成藥。
建議病人養成良好習慣，勤戴口罩，咳嗽和打噴嚏時要掩住口鼻，減少病菌傳播。隨天氣變化及時增減衣物，避免受涼。不要過度勞累，避免熬夜，勞逸結合，及時調整作息。