不吃早餐的危害很大，可以對身體的消化系統、內分泌系統等產生不良影響。
長期不吃早餐，首先會引起胃炎、胃潰瘍，甚至膽囊炎、胰臟炎等。因為早晨起來是空腹的狀態，加上胃酸的分泌增多，時間長了容易造成慢性胃炎、胃潰瘍。其次，因為膽汁分泌的延遲，導致膽汁淤積、膽結石。此外，因為不吃早餐，到了中午有過度的飢餓，這個時候就容易導致中午暴飲暴食，吃過多的食物，甚至引起這種胰臟炎的情況，因為中午吃得過多，這個情況下還很容易導致肥胖。
因為不吃早餐，上午為了維持血糖的穩定，需要去調整血糖來維持血糖，會導致胰高血糖素分泌的增加等，長時間容易引起內分泌出現失調，反而容易出現糖尿病。另外，因為不吃早餐，上午飢餓，人會出現工作疲勞、精力不集中等情況。還有因為內分泌的失調，甚至會導致糖尿病的發生。
因此要按時的吃早餐，雖然偶爾一次不吃早餐不至於造成嚴重的後果，但還是要養成吃早餐的好習慣。
人的胃排空大約4-6個小時，正好符合三餐進食時間，人體經過一夜的睡眠，體內的營養已經消耗殆盡，血糖濃度處於偏低狀態，不吃或少吃早餐不能及時、充分的補充血糖濃度，上午就會出現頭暈、心慌、四肢無力、精神不振等症狀甚至出現低血糖休克影響正常工作。
不吃早餐的人大腦就會因為營養和能量不足，不能正常發育和運作，久之就會妨礙記憶力和智能的發展。在三餐定時的情況下人體會自然產生胃結腸反射現象，簡單說就是促進排便，如果不吃早餐形成習慣了，長期可能會造成胃結腸反射作用失調，於是便產生了便秘。
如果不進食，膽汁就不會排出來，一直在膽囊裡頭儲存，膽汁長期在膽囊里儲存、不排出來就容易形成膽結石。如果不吃早餐，可能會使午飯和晚飯吃的更多，更容易導致肥胖。
早餐不吃對身體的危害比較明顯，如果不吃早餐，會容易增加膽結石的風險。膽囊主要功能是儲存、濃縮肝臟分泌的膽汁，而膽汁的正常分泌和排出，需要經過食物節律性刺激，如果有規律地吃早餐，就能夠讓膽囊有規律收縮，使得膽囊當中含有的膽汁酸、膽固醇和膽鹽不容易析出來形成結石。
如果早餐不吃，就會使得從前一天的晚餐吃完飯之後，到第二天中午，膽囊一直處於濃縮狀態，容易使得膽囊當中的膽固醇、膽鹽析出來形成膽結石，進而會引起嚴重的腹痛、腹脹，甚至是皮膚黏膜黃染，而危害身體健康。
早餐不吃很容易使得血糖發生明顯波動，而加重胰島素的代謝負擔，使得胰島素的分泌節律打亂，也容易引起發生糖尿病的風險增加。