耳朵流黃水有臭味要從兩個原因分析，第一個就是外耳道病變，第二個就是中耳的病變或外耳道和中耳同時伴隨的病變。
外耳道病變是外耳炎，外耳炎分為細菌感染、真菌感染引起的。現在門診黴菌性外耳炎的發病率比以前明顯的多。與經常挖耳朵、洗澡頻繁有關係，表現在外耳道大量的分泌物，包括耳屎、耳垢以及真菌和細菌分泌物阻塞在外耳道，如果進水潮濕，耳朵流水分泌物有臭味、搔癢。一定要進行專業的外耳道清洗、沖洗，或者用吸引器將分泌物吸除乾淨，再把分泌物進行細菌培養和藥敏試驗，看細菌感染和真菌感染。根據不同的病源進行不同的耳浴治療，也就是滴耳朵洗耳朵治療。
中耳炎是中耳腔的黏膜發生炎症，也會出現耳朵的流膿，有異味。中耳炎又分為化膿性中耳炎、分泌性中耳炎、化膿性中耳炎或者中耳膽脂瘤。臨床上會看到除了外耳道的分泌物，將外耳道的分泌物清理乾淨之後，發現耳膜有穿孔，穿孔裡面有中耳的分泌物流出，就是中耳炎。必要的時候通過CT，看有沒有中耳膽脂瘤或中耳炎併發症。如果是這種情況，控制急性感染炎之後採取手術治療。
耳朵流黃水涉及到的病變基本上是在外耳道和中耳，如果耳朵流黃水同時伴有耳朵癢，一般都是外耳道疾病，因為外耳道有耳垢存在，如果耳垢被水泡軟了流出來，也可能是黃水，還有異味。如果流黃水伴有耳朵癢，一般是外耳道濕疹，如果外耳道有濕疹同時流黃水，又有耳疼、耳癢，有可能是濕疹感染了就會有異味。有一種情況是流黃水、有異味，是中耳炎症，如急性化膿性中耳炎或慢性化膿性中耳炎、中耳膽脂瘤，都可以有黃色或黏稠分泌物，特別是有味的分泌物流出來，流到外耳道，要看中耳到底有什麼病變，特別是中耳膽脂瘤會有很臭的味道伴發，所以，中耳膽脂瘤是比較危險的病變，能夠引起很多顱內、顱外併發症。所以，一定要到醫院找耳科醫生診斷，到底是因為外耳道疾病還是中耳疾病引起的流黃水、有味。
耳部流黃水、有異味，且病人自覺耳悶，考慮為中耳炎急性發作。中耳炎急性發作指耳膜穿孔後，鼓室黏膜暴露在空氣中，此時一旦有不潔物進入或急性上呼吸感染伴發細菌感染後，會導致鼓室黏膜出現急性炎症，進而出現耳部流黃水，嚴重時會有異味及聽力下降等表現。如果是單純耳膜穿孔，即慢性化膿性中耳炎急性發作，可通過口服抗生素聯合抗生素滴耳液，如左氧氟沙星滴耳液滴耳，多數病人病情可逐漸恢復。如果耳部流黃水症狀反覆發作，需進行鼓室探查，修補破損耳膜。若聽小骨有破壞或聽小骨連續性不佳，可重建聽骨鏈。
此外，當通過抗炎治療效果不理想時，高度懷疑是否有慢性中耳炎導致的肉芽腫，在中耳腔鼓室內長期積聚或是中耳膽脂瘤，均無法通過口服抗生素、使用抗生素滴耳液進行治療，需採取手術治療才能解決問題。
病人出現耳朵部位流黃水，有臭味、結痂，常常是存在外耳道皮膚濕疹的病情狀況，還可能伴有一定程度的繼發感染情況。針對這種症狀表現，病人要注意對耳道進行較為徹底的清理，必要時可以結合使用雙氧水進行清理，同時可以進一步使用激素類的軟膏，進行耳道皮膚的塗抹，比如使用糠酸莫米松乳膏等，也常常需要進一步口服抗組織胺類的藥物，比如 Cetirizine 、 Desloratadine 等。
部分病人可能會合併有中耳慢性炎症疾病的狀況，中耳腔內會反覆溢出黏膿性分泌物，需要進一步口服抗生素類藥物，比如阿莫西林膠囊、 Cefaclor 緩釋片、左氧氟沙星片等，減少炎症分泌物的產生。