扁桃腺反覆發炎並且引起發燒，急性期主要控制炎症，退燒。如果反覆發炎，不管是成人還是兒童，一般都會建議在炎症緩解以後建議手術切除扁桃腺。因為扁桃腺反覆發炎時，對身體來說是一個病灶，會激發身體很多器官的免疫反應，比如引起繼發心肌炎、腎炎，甚至是男性的睪丸炎。扁桃腺成為病灶後，並不能對身體起到屏障作用。
所以扁桃腺如果一年兩次以上反覆發炎甚至引起發燒，在急性炎症控制以後，可以考慮手術切除扁桃腺。急性炎症期首先控制感染，最好不要動手術，會造成機體術後反應比較嚴重，甚至術後出血可能性也比較大。兒童如果扁桃腺反覆發炎，可以考慮手術切除，家長不用擔心扁桃腺切除以後影響孩子免疫功能。
扁桃腺炎是由於病原體感染扁桃腺所致的炎症，炎症反應的基本特徵是紅腫熱痛，所以被感染的扁桃腺會出現充血、腫大、發熱、疼痛等表現。
細菌或者病毒進入機體，機體會產生一種保護性的機制，人體的免疫系統，尤其是白血球計數會增加，它可以吞噬血液或者是組織裡面的細菌或者病毒，然後抵抗細菌和病毒，因此會有發燒的外在表現。
如果扁桃腺化膿引起38.5度以上的發燒，要進行解熱鎮痛處理，主要是抗感染，比如要選擇敏感的抗生素抗感染治療，多飲水，疼痛劇烈者可應用止痛藥物，必要的時候要補液治療。
如果扁桃腺反覆發炎、發燒，既要短期解決，又要從長遠考慮，主要分析如下：
短期解決：既然是扁桃腺發炎、發燒，就要消炎、退燒。可以口服或者靜脈輸液消炎藥物，推薦使用頭孢類的消炎藥，退燒可以使用巴米爾、芬必得等效果比較好的退燒藥。扁桃腺發炎、發燒的時候還建議病人儘量多喝水，多喝水可以加快人體的代謝速度，以利於體內細菌、病毒的快速排出。
從長遠考慮：雖然扁桃腺是人體內具有防禦功能和保護作用的組織器官，但是如果發炎次數多，甚至經常伴有發燒，說明已經起不到保護的作用，反而變成了破壞分子，是一個病灶。為了避免病灶經常誘發或者出現其他疾病，如氣管炎、肺炎等，就應該儘早將病灶清除掉，即做扁桃腺切除術。
扁桃腺炎造成的反覆發燒，多數是因為扁桃腺急性炎症沒有得到有效控制，有效控制需要足量、全程使用敏感抗生素進行治療。如果病人使用1-2天抗生素後，嗓子痛有所好轉便停藥，會造成炎症復發，再次導致發燒。
如果病人發燒較嚴重，抗生素治療沒有明顯效果，需要做藥敏試驗，使用咽拭子在扁桃腺上進行塗擦，進行細菌培養，根據藥敏試驗結果更換抗生素。如果病人出現高熱，可以使用退熱藥，如布洛芬、泰諾(酚麻美敏片)等，以免出現驚厥或者其他問題。如果扁桃腺發炎病人反覆發燒，要到醫院進行檢查，需要驗血，使用足量敏感的抗生素進行治療，療程通常會維持在5-7天，才能對扁桃腺炎症進行有效控制。