少數扁平疣會自愈，該病是病毒性疾病，醫學上很大一部分病毒性疾病都有自愈性。比如感冒是病毒性疾病，7-8天左右可以自然好，扁平疣也確實存在這種過段時間自己就好了的情況。當抵抗力很強，病毒數量不多或毒力不強時，就有自愈可能。但相反也可能復發，通過一定手段治療治癒後，當病人抵抗力下降，病毒數量比較多，毒力比較強時，則有復發可能，所以復發和自愈是由多種因素決定。臨床確實有很多病人沒有經過治療，自己就痊癒，就是因為自身抵抗力增強了。
扁平疣治療手段還是挺多的，如果扁平疣症狀比較輕微，病人的皮損較小，可以在醫生指導下使用促進表皮剝脫的藥物，結合具有抗病毒、增強細胞免疫作用的藥物綜合治療，必要時可以使用一些免疫調節劑做全身治療。
如果扁平疣數目較少，可以採取雷射、電灼、冷凍、火針等方法治療。如果扁平疣症狀比較嚴重，面積比較大或者有搔癢，可以使用具有抗病毒、止癢、提高免疫的中草藥來治療。部分病人可以通過手術的方法將自體疣植入皮下，比如手或前臂等比較隱蔽部位的較大疣體植入在皮下脂肪層，從而刺激體內釋放出細胞因子，清除表皮上的病毒，降低扁平疣的復發機率。
扁平疣有的人是可以自愈的，但也有長期存在於皮膚表面的。因為扁平疣是HPV病毒感染引起的，有一定的傳染性，搔抓後容易在扁平疣附近出現新的疣體，從而形成一連串的扁平疣。
如果不予治療，單純等待其自愈容易造成病灶擴散。對於扁平疣一般可以採取雷射治療、電離子或者液氮冷凍治療，其中雷射治療效果會更理想。
如果實在不願雷射治療，也不願電離子冷凍治療，也可以先局部外塗 Imiquimod 乳膏或者干擾素凝膠、A酸乳膏，可以幫助調節局部皮膚的免疫力，從而誘導扁平疣脫落，消散。平時注意不要喝酒，不要熬夜，也不要過度勞累，不要搔抓有扁平疣的皮膚以免擴散。
扁平疣一部分病人可以在感染後1到2年內自愈，它可以自行消退，消退之前它往往會有些發癢局、部發紅等症狀，這個時候不要搔抓，消退以後不留痕跡。但是也有相當的一部分病人持續感染，有的時候會持續幾年甚至十幾年，有的病人滿臉都是扁平疣，也很苦惱。
傳統用於治療扁平疣的方法包括冷凍、電灼等，但是復發率較高，容易留有疤痕影響美觀。近年隨科學技術發展，扁平疣治療方法逐漸增多，包括藥物和非藥物治療，還有多種光電療法，例如光動力治療、點陣雷射、脈衝染料雷射等。扁平疣治療因人而異，不同病人對疾病治癒美容要求不同，還有個人體質差異以及經濟承受能力不同，相應選擇方法有所不同。
扁平疣呈現淡粉色的病人可以選用脈衝染料雷射聯合藥物進行治療。如果呈現棕色或咖啡色，對於厚度較薄的皮損可以選用雷射治療。免疫耐受及難治性、復發性扁平疣病人可以選擇不良反應較小的光動力聯合藥物，包括干擾素、 Imiquimod 以及卡介菌多糖核酸等免疫調節劑進行治療。對於外觀及體驗感要求高的病人可以採取光電和藥物等聯合治療，既可以達到美容效果，又可以達到較好療效。對於皮損較厚且經濟承受能力不高的年紀較大病人可以採取二氧化碳雷射聯合外用藥物方式進行治療。