毛囊炎外用藥要根據其病因、病理的變化來決定用藥。主要是外用抗生素類的藥膏，也可以外用一些調節毛囊角化的藥物。
毛囊炎是一種常見的細菌感染性皮膚病，累及毛囊及其周圍的組織，最常見的是球菌感染。由真菌感染引起的毛囊炎，這些需要使用抗真菌治療：常用的如真菌引起的毛囊炎可以外用舍他康唑軟膏、盧立康唑軟膏、布替奈芬軟膏、 Bifonazole 、酮康唑洗液等，必要時口服 Itraconazole 。由於細菌感染引起的毛囊炎，需要使用抗生素軟膏及口服抗生素治療：常用的是莫匹羅星軟膏、 FUSIDIC ACID 軟膏、複方多黏菌素B軟膏、金黴素軟膏、克林黴素甲硝唑搽劑，必要時口服頭孢類藥物、多西環素膠囊、米諾環素膠囊等治療。
另外，真菌馬拉色菌感染引起的皮屑芽孢菌性毛囊炎，好發於胸背部，需要使用抗黴菌性藥膏如舍他康唑軟膏、盧立康唑軟膏、布替奈芬軟膏、 Bifonazole 、酮康唑洗液等，必要時口服 Itraconazole 。
毛囊炎是指毛囊受到細菌或者其它病原微生物的感染，引起局部炎症出現紅色的丘疹或者膿頭，或者周圍因為炎症的刺激出現紅腫。毛囊炎最常見的皮損是紅色的丘疹俗稱小紅疙瘩，在頂端可能出現膿頭。
毛囊炎好發部位是出油、出汗多的部位，毛髮的部位、體毛的部位或者皺褶、經常出汗潮濕的部位。比如夏天臀部很容易長毛囊炎，可能跟高溫高濕、久坐有關。尤其學生很容易出現毛囊炎，比如小腿或者陰毛的部位。另外，出汗多、出油多的地方，像腋下或者胸背部，也是好發毛囊炎的部位。
毛囊炎主要外用抗生素藥膏，像 FUSIDIC ACID 乳膏、莫匹羅星軟膏或者多黏菌素B。如果毛囊炎數量非常多或者比較嚴重，可以口服抗生素的藥物像鹽酸米諾環素。如果反覆發生，還可以口服異維A酸膠丸，能夠明顯減少毛囊炎復發。
毛囊炎通常是由細菌或真菌感染毛囊所引起的炎症性皮膚病，如果是輕度的毛囊炎可以選擇外用藥物治療為主。
普通的細菌性毛囊炎可以選擇抗菌藥膏，常見的有莫匹羅星軟膏、 FUSIDIC ACID 乳膏、多黏菌素B軟膏、氧氟沙星軟膏等。比較嚴重的要聯合使用口服的抗菌素，包括頭孢和青黴素類的抗菌素等。
還有毛囊炎是由真菌感染引起的，比如馬拉色菌毛囊炎，這個使用抗細菌的藥物通常效果不佳，可以選擇抗真菌的藥物進行治療，常見的包括酮康唑軟膏、 Bifonazole 軟膏、 Miconazole 軟膏、 Terbinafine 軟膏等等。
這些藥膏治療黴菌性毛囊炎更加的對症，效果更好。