早孕試紙檢查懷孕原理是檢測尿液里的人絨毛膜促性腺激素，懷孕之後這種激素的水平會迅速升高，由血液代謝到尿液里，可以通過早孕試紙檢查出來。如果懷孕時間比較長，受精後時間長達三週以上，此時血液裡面的人絨毛膜促性腺激素已經明顯升高，尿液里的激素濃度也相應升高，就算不用晨尿，早孕試紙也可以檢測出來。
如果測不出來，多見於懷孕時間比較短的情況，若行房受精的時間在两週內，激素水平還比較低，需要尿液濃度高才有可能被檢測出來。而早晨因為一夜沒有喝水和排尿，尿液在體內積存時間比較長，濃度比較高，所以少量的激素容易被檢測出來。如果不是晨尿，經過喝水和活動之後尿液濃度被稀釋，此時早孕試紙可能檢測不出來。
因此，用早孕試紙檢測是否懷孕，建議用晨尿效果更準確。如果沒有用晨尿而檢測為陰性，可以等第二天用晨尿重新檢測，也可以去醫院抽血化驗人絨毛膜促性腺激素，或進行超音波檢查確定。
使用早孕試紙在家自己檢測懷孕，並不是一定要用晨尿來進行檢測。因為檢測晨尿的準確率比較高，晨尿是濃縮的尿液，睡覺時長時間沒有進食和飲水，尿液當中的絨毛膜促性腺激素濃度比較高，濃度更大，更能真實地反映體內情況。
特別是對於受孕時間過短，如果用非濃縮尿液可能測出陰性，而用晨尿卻能測出弱陽性。
對於想監測HCG變化，看測試線是否有深淺變化時，建議用同一時間尿液，也就是用晨尿。每天清晨的濃縮尿液，更能反應HCG的變化情況。
其實只要體內的HCG達到一定的量，用一天任何時間尿液，一般都能測出陽性或者弱陽性。只是晨尿和其他時間尿液，深淺有點不一樣。
早孕試紙的檢測，並不是必須使用晨尿。早孕試紙檢測的是尿內的HCG，尿液中的HCG超過25IU/L時，通過早孕試紙能夠檢出。採用晨尿具有一定優勢，主要是由於早晨尿液通常比較濃縮，尿液內HCG濃度通常比一天其他時段，可能會相對更濃。晨尿能夠檢測出懷孕時，在其他時段並不一定能檢測出。但事實一旦懷孕，尿液的人絨毛膜促性腺激素濃度會較快超過25IU/L。
因此大多數情況下，使用晨尿液檢查測和其他時段的尿液進行檢測，並不會有太明顯的差別。懷孕時通常都會顯示出陽性結果，但能檢測到早孕試紙陽性結果的時間，通常是在受精後2週或2週以後。若在受精2週以內，有可能早孕試紙出現陰性結果。通過查血檢測懷孕，最早能夠在受精後的7-10天，檢測到血液中HCG值的上升。
如果在妊娠時尿妊娠試紙檢測應用方法正確且尿液量足夠，通常尿妊娠試驗的試紙較敏感，即使未採用晨尿，多數能檢測出陽性。但說明書中通常都會建議應用晨尿進行檢測，因為在懷孕初期受精卵剛著床時，絨毛膜促性腺激素水平濃度非常低，只能夠通過血液檢測出，如果用尿液檢測，可能檢測不到。如果利用晨尿，經過一夜的尿液濃縮、水分重吸收，可能此時由於濃度偏高被檢測出處於弱陽性範疇，反而白天大量飲水導致尿液稀釋，有可能就出現陰性範疇。
因此從上述角度而言，應用晨尿液檢查測將會更加準確，但因為目前科技水平的進步，尿妊娠試紙敏感性好，多數情況下應用晨尿液檢查測，還是應用白天常規尿液進行檢測，區別較小。對於應用白天尿液檢測呈現陰性時，可等待2-3天再次進行檢測。如果確定有受精卵成功著床，即使未應用晨尿，大多數也能夠檢測出陽性。