潰瘍性結腸炎一般是慢性病症，終身復發性疾病。通常的治療方法有手術治療、藥物治療和中藥治療。
對於手術治療一般採取的方式是全結腸切除加迴腸儲袋的肛管吻合術，在手術治療的過程中，可能引發大出血、腸穿孔等情況。當我們遇到這種情況的時候，病人應積極配合醫生治療，進行緊急手術。
對於藥物治療，一般可採用氨基水楊酸類製劑、糖皮質類固醇、免疫抑制劑等。這些藥物通常可以發揮消炎抗菌的作用，但是藥物可能會存在不良反應，如噁心、嘔吐、頭痛等。對於急性發作的潰瘍性結腸炎，最好採用糖皮質類固醇，此類藥物可以通過口服、注射、灌腸等方式使用，應該選擇何種藥物進行治療與病人的自身情況有直接關係，但是不論哪種藥物治療，我們都應該避免生冷、刺激的食物，三餐一定要規律，切記不要暴飲暴食。
由於採用藥物治療可以出現許多不良反應，所以我們可以從中醫的角度，用中藥材對潰瘍性結腸炎進行治療，同時用針灸加以輔助，可以顯著提高病人的治療效果，大大改善病人的治療質量。
不論採用以上的哪些方法進行治療，我們最好都要去醫院及時就診，在醫生的指導下進行治療，以達到更好的效果。
潰瘍性結腸炎的治療目的是控制病情的活動，維持其緩解以及防止併發症。一般治療主要是要強調休息、飲食和營養，對活動期的病人應有充分的休息，以減少精神和體力的負擔，並要給予流質飲食，病情緩解之後可以改為富營養的少渣飲食。對於部分病人發病可能與牛奶過敏或者不耐受有關，應該注意要限制乳製品的攝入。對於重症和爆發性的病人應該住院治療，及時糾正水電解質平衡失調，以及輸血和蛋白等治療。
常見的藥物治療包括有氨基水楊酸製劑，常見的有 Sulfasalazine 、 Mesalazine 等等，這是治療本病的常用的藥物。該藥口服後，大部分可以到達結腸，經腸道菌群分解為5-氨基水楊酸，在腸上皮接觸發揮抗炎的作用。對於急性發作期可以選擇糖皮質類固醇來進行治療，控制急性炎症。對於激素治療效果不佳，或者是對激素依賴的病人，可以採取免疫抑制劑進行治療。如果併發大出血、腸穿孔，重症病人特別是合併有中毒性巨結腸經內科，及治療沒有明顯的效果者，可以採取手術治療的方式。
潰瘍性結腸炎的治療是根據疾病的嚴重程度、病變累及的範圍，以及疾病類型來制定治療方案。對於輕度潰瘍性結腸炎，可以用 Mesalazine 或者 Sulfasalazine 來誘導以及維持緩解。
對於中到重度的潰瘍結腸炎首選的是糖皮質類固醇來誘導緩解，如果效果不好有可能需要用環孢素甚至是生物製劑，比如抗腫瘤壞死因子，如類克來誘導緩解。
除了誘導緩解以外，潰瘍性結腸炎的維持治療至關重要，也就是潰瘍性結腸炎絕大多數是不能停藥的，即使是對初發病例也需要用藥3-5年。維持治療，對於中到重度的潰瘍性結腸炎，有可能需要 Thiopurine 來維持治療。
如果經濟條件好，也可以用類克來維持治療。潰瘍性結腸炎的治療是長期的，並且不能隨隨便便的停藥，這樣有可能會導致疾病復發，或者嚴重的併發症，所以一定要在大夫的指導下規律用藥。