腦部CT有陰影通常意味著在CT掃描中發現了異常密度區域。這可能是由於腦組織腫脹、腦腫瘤、腦出血、腦梗塞、腦囊蟲、腦積水等多種原因導致顱內壓力增高，也可能是鈣化、異物、腫瘤等引起的局部占位效應。這些因素都會在CT掃描圖像上形成密度相對較高的陰影區域。
具體來說，腦部CT陰影可能包括腦組織腫脹、腦腫瘤、腦出血、腦囊蟲、腦積水等。腦組織腫脹可能是由感染、炎症、缺氧等多種原因引起的腦組織腫脹，CT掃描圖像上會顯示高密度影。腦腫瘤包括良性腫瘤和惡性腫瘤，通常在CT上顯示為局部占位性病變，即陰影。腦出血包括外傷性腦出血、自發性腦出血等，在CT掃描中會顯示高密度影，從而形成陰影。腦囊蟲當腦部受到寄生蟲感染時，可能會發生腦囊蟲病，CT掃描可顯示局部陰影。腦積水通常由中腦病變、炎症、創傷等原因引起，CT掃描顯示局部高密度影。
在體檢或者受到外傷時，病人可能被要求做頭部CT，這時報告裡有時會寫到頭部有一些低密度灶，或者有一些陰影，單憑這一項指標無法說明就是腦瘤。因為在神經外科經常會遇到一些缺血性腦病，也有可能出現陰影，即低密度灶，此外如果病人有蜘蛛網膜囊腫，也可能表現為低密度灶，但是其只是一個囊腫，屬於先天發生，不把它稱之為腫瘤。
對於這類病人，建議可以定期進行隨訪觀察，如果在觀察過程中出現了囊腫持續增大，甚至伴發了一些臨床症狀，建議儘快進行手術切除。當然也有一小部分病人存在密度不均的情況，可能是腫瘤的表現，會根據具體情況來進行進一步檢查，比如增強CT或者頭部核磁，以及頭部的增強核磁等，來明確是否為真正的腦瘤。
頭顱CT掃描後，有時報告上會提示頭部有陰影，這個陰影有不同含義。頭部陰影需考慮腦部有病變以及無病變兩個問題。如果有病變，病變又分為高密度、等密度和低密度三種情況。高密度最常見腦出血。低密度見於腦梗塞，即腦梗塞。等密度是出血時間較長，或者腫瘤和腦實質密度接近，通過間接徵象，如腦室受壓迫或者顱骨受侵蝕，可推斷出是否有病變存在。
頭部無病變時，腦部陰影是在CT掃描中產生的偽影，可能是佩戴的耳環或項鍊，尤其老年女性的耳環、項鍊可能不能摘，頭顱CT掃描就會產生放射狀偽影。這種陰影無病理意義，只是一種假象。另外，還可能是手術植入物導致的偽影，但這是術後改變，並非真正病變。