卵巢囊腫大多是良性腫瘤，尤其是黃體囊腫，在排卵以後出現，來月經以後消失，這是一種生理性的卵巢囊腫，不用治療。如果由子宮內膜異位造成的巧克力囊腫，是良性的囊腫，主要就是咖啡色的血液。如果做超音波檢查確定是囊性腫塊，惡性的機率不大。
如果小於五厘米的卵巢囊腫，可以暫時不治療，定期做超音波檢查。如果卵巢囊腫大於五厘米，需要及時進行手術治療，可以採取腹腔鏡手術。如果超音波檢查卵巢囊腫屬於囊實性或者實性，或者停經後的女性發現卵巢囊腫，這種情況需要及時手術治療，手術以後要做病理檢查。
惡性卵巢囊腫其實就是指卵巢癌，這就是癌症。通常卵巢癌在初期的時候，一般沒有任何的特殊表現，所以不容易檢查發現，有臨床不適表現檢查發現的時候都是在卵巢癌的中末期，對於發現初期的卵巢癌。通常可以考慮行開腹手術切除子宮附件，同時清掃骨盆腔淋巴結，術後再進行對應的放化療治療，而對於中末期的卵巢癌，通常可能只能夠進行對應的放化療以及對症的支持治療。
卵巢囊腫有一定的惡性潛能，即有可能會癌變。
囊腫是充滿著液體或者半固體的腫塊，如果有囊腫生長在女性的卵巢上，就稱之為卵巢囊腫。卵巢囊腫初期，由於囊腫較小，可能沒有明顯的症狀。若腫塊持續增大，可能出現腹痛、腹脹、頻尿及便秘、氣促、心慌等症狀。如果囊腫是惡性的，可能會有腹水、疼痛等症狀。
卵巢囊腫是否需要治療需要綜合考慮病人的年齡、囊腫性質、囊腫大小等因素。如果沒有引起相關症狀，體積較小，可動態觀察。少數情況下，卵巢囊腫會惡化，惡化時的典型特徵是囊腫短時間內明顯增大，陰道異常出血等。此外，當囊腫體積較大，或出現扭轉引起女性下腹部疼痛時，也需要考慮治療。卵巢囊腫扭轉時的疼痛通常很劇烈，甚至會導致病人休克。治療方式首選手術切除，通常預後良好。