自體脂肪隆乳因為採用的是自體脂肪為填充材料，所以更為安全，手感也更接近於真實，手術時間短，恢復也更快。但是缺點也很明顯，自體脂肪由於部位和環境的改變，自體脂肪移植以後是不可能100%存活的，而壞死的脂肪就會被身體吸收，吸收率也比較大，一般都在至少40%左右。
而且吸收率還受到各種因素的影響，跟個人的體質也有關係，包括手術注射的過程的差異也可以造成吸收量的不同。由於吸收率的存在，自體脂肪豐胸的手術沒辦法一步到位，所以需要堅持少量多次原則，一般都需要2到4次才能達到理想的效果。
如果次的注入量太大了，移植的脂肪組織就不能得到充分的血液供應，壞死就增多了，也容易發生感染、脂肪液化壞死、產生硬結等併發症。而且自體脂肪豐胸也需要女性的自身條件，其他的部位必須要較大量的脂肪組織才能供它就使用，所以就要求隆乳的女性身體就比較豐滿，所以沒有局部脂肪堆積的女性，就不適宜這種方法。
對於自體脂肪隆乳的危害，常見有以下幾點。
結節：由於手術本身技術，便已決定脂肪填充後會發生結節。結節形成的原因，是因首先在處理脂肪時，不可能將所有纖維組織均剔除，而纖維組織填充到體內，通過超音波檢查，可以看到結節樣高回音。其次，填充脂肪並不可能會完全成活，對於脂肪在液化後被吸收的過程中，沒有被完全吸收的脂肪會被包裹形成小結節。由於做脂肪填充時使用鈍頭填充針，脂肪基本不可能進入到乳腺組織中，因此乳腺組織疾病的發生與脂肪填充形成的結節基本沒有關係。
感染：由於操作不當，可能會出現感染，甚至脂肪壞死、液化、流膿等。因此醫生操作較重要，首先要保證無菌條件，其次填充手法要精準，不能在單個通道填充過多脂肪，而要多層次、多通道進行填充，避免出現較大的脂肪鈣化等。
其他危害：脂肪填充後，如果體重沒有控制好，可造成胸部變大。因為脂肪隆乳的本質是脂肪從一個地方搬到另一個地方，而隆乳用的脂肪是體內質量最好的脂肪，來自腹部或大腿等易變胖的脂肪。因此如果手術後體重沒有較好控制，胸部可能會變大。
自體脂肪隆乳的缺點是初期打了一定的脂肪量到胸部之後，會吸收一部分，特別是初期的前30天月，吸收的脂肪比較多，到三個月之後，絕大部分脂肪會穩定。
初期的吸收是影響自體脂肪隆乳效果最主要的因素，如果吸收得過多，就需要做第二次手術了。
其次，病人在自體脂肪隆乳可能會出現腫塊，腫塊主要包括纖維化、鈣化囊腫。囊腫初期可以進行處理，如果是超音波已經確定了是囊腫，可以通過抽吸的方法進行處理，如果是後面已經形成的纖維化，甚至鈣化的情況下，需要做小手術。