自律神經失調一般持續6-9個月，對於難治性自律神經失調持續時間可能為1-3年，才可以逐漸好轉。自律神經失調在臨床上病人常表現為頭昏、頭痛等症狀，部分病人出現噁心、嘔吐、心慌、胸悶、心悸等症狀，還有部分病人會出現失眠、記憶力下降。病人常感覺不舒適，感覺體內出現遊走性疼痛或氣體等不適感。
通常病人可以在內科檢查排除內科器質性疾病，常表現出部位不固定病變，如果在神經科出現無定位的局灶體徵，稱為軀體化障礙或者軀體化神經症。臨床上常使用抗憂鬱、抗焦慮藥物進行治療，可以取得較好效果，一般服用至少6-9個月或者1-2年，然後逐漸減量可以達到較好治療效果。
經過綜合的治療、心理的疏導、藥物的治療、理療，各種的復健手段、運動等綜合措施以後，一般來講一個月左右可以見成效，輕症的可以有2-3個月見到明顯的效果。個別的情況比較重的、身體比較虛弱、抵抗力差一些的，經過半年到一年的調整也應該見效。因為不是器質性的病變，經過綜合的治療，特別是加強身體的鍛煉、改善環境、心理的疏導等等綜合措施以後，應該說能夠收到很好的效果。只要有信心，有樂觀的態度，加以現代醫學的綜合的治療措施，應該說病的預後還是比較好的。
自律神經失調往往是社會、心理諸多因素引起的，臨床上多方面的症狀。排除了器質性病變以後，可以有精神、心理的變化，可以有循環系統、消化系統、內分泌系統、生殖系統等等多系統功能的變化，病情有輕有重，抵抗力不完全一樣，綜合治療的過程中效果也不一樣。病程時間可長可短，輕型的治療比較好，自我調節比較合理，有3%左右可以達到治癒的程度。
自律神經失調如果是急性發作，一般跟刺激的事件、自身的耐受程度和事件去除等因素有關，一般1-2週內通過藥物的干預，可能就可以治好。
對於一些慢性長期的自律神經失調，需要通過綜合的治療，通過生活習慣、睡眠習慣和飲食習慣的調整，再給予安眠的藥物來調整情緒焦慮和睡眠。通過5-羥色胺再攝取抑制劑，如 Fluoxetine 、 Paroxetine 、 Sertraline 等，改善焦慮、憂鬱症狀。用去甲腎上腺素再攝取抑制劑，如 Venlafaxine 和 Mirtazapine ，可以調整軀體的症狀和睡眠的障礙，來改善自律神經失調引起的症狀。通過半年的治療，如果症狀消失，可以逐步的減量，減藥也需要半年以上的時間，總共是一年到一年半的時間，可以治好慢性自律神經失調。
自律神經失調不是終身疾病，自律神經失調主要是因為情緒、外界的刺激，自己對自己的影響以及睡眠的習慣、飲食習慣等造成的自律神經失調，這種情況通過規範的治療，大部分都能治癒。
要先通過調整生活習慣、睡眠習慣、飲食習慣等，減少額外的刺激，然後調整自己的心態，包括對事物的態度，以及通過脫敏療法等，減輕這個事件對自己的影響，同時要調整自己的內在，可以通過藥物的方法，如調整睡眠的安眠藥以及調整這種情緒的5-羥色胺再攝取抑制劑。有更年期的可以調整一些激素改善症狀，大部分60％-70％可以治癒，20％-30％可以在用藥的情況下基本保持穩定。