大腸水療是一種透過灌腸清洗腸道的方法，旨在清除體內毒素、改善腸道健康。雖然這種方法在一定程度上可以達到一定的保健作用，但也存在一些副作用。
經常做大腸水療的病患可以使病患自主排便的能力下降，可以引起病患更加依賴大腸水療，雖然大腸水療可以治療便秘，但長時間使用大腸水療也可以引起便秘的產生。如果一些腸道內的疾病急性期，可以暫時使用來解決問題，經常使用大腸水療的病患，可以引起腸道的菌叢發生改變，使腸道黏膜更容易受到刺激，從而使腸道功能減弱，更容易引起疾病。
大腸水療可能會影響身體的水分平衡。在進行灌腸時，需要將大量的液體注入腸道中，這會導致身體失去大量的水分和電解質，從而影響身體的水分平衡和正常代謝功能。大腸水療的操作雖然簡單，如果操作不規範或者使用的器具不乾淨，容易引起腸道的感染，傷害到腸壁。
大腸水療治療腸道內的疾病的療效較好，但是仍然不建議長時間的應用，以免產生依賴性。
大腸水療治療便秘是最直接的方式，用一個專門的機器，將過濾後的純淨溫水經過人體肛門注入結腸，在安全的壓力下，刺激腸道蠕動，浸泡腸道內宿便，沖散附於腸道內壁上的各種體內垃圾，然後再經由機器的電控排水裝置，直接將廢物排出體外，如此反覆沖洗，清除體內毒素、細菌和宿便等，讓腸道在溫水的按摩刺激下逐步恢復自身正常的蠕動功能。
這種治療和以往的灌腸不一樣，大腸水療是一種徹底的結腸清洗方法，壓力恆定，溫度恆定，進出的水量和治療時間預先設定，安全性非常好。而且，大腸水療的範圍在結腸，不會影響人體小腸的消化和吸收。這種治療方式透過清除腸道宿便、毒素，培養益生菌的生長來改善腸內環境，增強病患自身免疫功能，最終達到徹底治癒頑固性便秘的目的，是頑固性便秘病患擺脫疾病困擾的較好選擇。
大腸水療法是一種徹底的結腸清洗方法，除了治療便秘，還能用於矯正腹瀉、調節腸道菌叢失調、預防腸癌。因為大腸是儲存糞便的地方，食物殘渣在大腸內經發酵和腐敗作用會產生一些致癌物質，由於肉食在消化道停留時間更長，所以大腸與致癌物質接觸的時間也就相應延長了，為了預防大腸癌的發生，經常清潔大腸十分重要。此外，還用於結腸病患的術前準備和術後復健。
大腸水療幾乎沒有副作用，完成大腸水療後，多數人會有一種輕鬆、舒服的感覺，有的會因腸蠕動活躍，排氣增加，多數人沒有不適感。不過沒病的人沒必要為了美容保健做水療，如果水療不當，有可能會破壞腸道內環境，出現腸道功能的紊亂，導致便秘、消化不良、腹脹等症狀的發生。