使用洗鼻器的副作用可能有鼻黏膜損傷、嗆咳、感染蔓延等。
洗鼻器是一種清潔鼻腔的工具，其原理是對洗鼻器施加外力，使洗鼻器內液體流入鼻孔，經過鼻前庭、鼻竇、鼻咽部等，最終從口腔或另一側鼻腔排出。如果用力不當，或者過於深入鼻腔，可損傷鼻黏膜。如果用力過大，液體噴入鼻腔，可刺激鼻黏膜，引起反射性嗆咳。如果引流不當，可能會使病原體擴散至其他部位，造成進一步感染。
洗鼻器沖洗鼻腔，可以清潔和濕潤鼻腔，使其暢通，能夠緩解症狀，用於治療某些感染性或過敏性鼻炎，清洗鼻腔所用的藥液一般是生理鹽水或專用的藥物。
使用洗鼻器的副作用有哪些？
洗鼻器如果用於無鼻部疾病的正常人或者過度使用，或者是用於洗鼻的液體濃度過高等，會破壞鼻腔內的正常生理環境，影響鼻腔的加溫、加濕、過濾、纖毛的功能，分泌的 Lysozyme 就會遭到破壞，從而影響鼻腔的殺菌、抑菌作用。
如果在使用洗鼻器的時候壓力過大，可能會將鼻腔內的炎性分泌物、一些致病菌，通過鼻咽部流入到咽喉部引起咽喉炎，或者通過鼻竇開口、耳咽管開口流入鼻竇或者中耳腔，引起鼻竇炎或者中耳炎。洗鼻器目前主要用於鼻腔炎症或者鼻部手術之後鼻腔清洗，有利於減輕鼻腔黏膜水腫、清除痂皮、促進鼻腔黏膜功能的儘快恢復。
如果正確掌握生理鹽水洗鼻器使用方法，沒有任何副作用，如果不當使用，可引起分泌性中耳炎或急性化膿性中耳炎發生。如果給年幼小孩子使用，還有可能沖洗液被誤吸到下呼吸道，引起吸入性肺炎。
由於洗鼻器並不是一次性用品，反覆使用而不消毒處理，可引起洗鼻器內細菌、真菌感染，而沖洗鼻腔時繼發鼻腔內其他細菌及黴菌感染，故用洗鼻器清洗鼻腔後，要及時對洗鼻器清洗、清毒處理。對年齡比較小且不會擤鼻涕兒童，不要用洗鼻器洗鼻，改用安全的生理性海水鼻腔噴霧劑噴鼻腔進行清洗，無論用洗鼻器或生理性海水鼻腔噴霧劑噴鼻清洗鼻腔，作用和效果都一樣，只是後者價格比較貴而已。
本身洗鼻器清洗鼻子並沒有很大的危害，主要還是使用過程中出現的問題，比如6歲以下兒童，一定要慎重使用洗鼻器，因為兒童配合能力差，清洗過程中容易引起嗆咳，或者將洗鼻液誤吸入鼻竇，使病情加重。洗鼻器操作時一定要注意方法，以免沒有起到作用，反倒引起炎症或者感染。
洗鼻子給人體造成的危害主要還是用法不對造成，平時用生理鹽水清洗鼻腔，千萬不要用家裡的含碘鹽使用在鼻腔上，這一定是不合適的。鼻腔內微血管非常豐富，如果吸入過量碘容易造成傷害，而且會產生副作用。