武*核磁共振是比較安全的檢查方式，對人體基本上沒有傷害。但據現在的研究表明，也會造成生物效應，最主要表現在體溫升高，但體溫升高一般在超高強磁共振中比較明顯。所以在實際工作中要注意如果病人體溫高的特別明顯，要暫緩做磁共振檢查，這是磁共振的副作用。
另外，磁共振的副作用還表現在病人的心理作用。因為在磁共振中，空間一般比較密閉，而且聲音比較大，所以會造成病人心理上比較壓抑的感覺，可能做完以後出現不舒服的感覺。磁共振做的時間相對比較長，有時被動體位病人可能會感覺到不舒服。體內植入物會對整個圖像以及病人的身體造成傷害，甚至造成死亡，如心臟起搏器病人絕對不能夠做磁共振。
趙*核磁共振檢查的副作用相對比較少，常見的大概有以下幾點：
由於核磁共振檢查時間比較長，有一些病人容易產生緊張、焦慮的情緒，導致血壓暫時升高，心率暫時加快，此種情況經過適當休息，一般都能夠有所緩解。如果病人有幽閉恐懼症，儘量不要做此項檢查。
由於儀器在檢查過程中噪音相對比較大，有一些對聲音敏感的病人容易產生耳部不適感，極少數病人會出現暫時性耳鳴，但經過休息，通常也能夠有所緩解。
在檢查過程中，體溫可能會升高1℃左右，屬於正常情況。
李光*核磁共振的主要副作用是噪聲，此外一些病人做核磁共振檢查會有危險，例如幽閉恐懼症病人、體內有金屬物體的病人等就不適合該項檢查。
噪聲影響：在進行核磁共振檢查時，檢查機器的噪聲較大，可能會對聽力造成一定的影響，有些人做完檢查還會出現心慌頭痛的感覺。
誘發或加重幽閉恐懼：核磁共振檢查室是一個封閉的房間，檢查機器內部空間也較小，這可能會誘發或加重幽閉恐懼症病人的症狀。
對有金屬植入物的病人存在風險：對於體內有金屬物體（比如起搏器、鋼板）的病人，進行核磁共振檢查是會有危險的，比如起搏器會出現異常頻率，可能會導致生命危險。
做核磁共振檢查要在醫生的安排下進行，檢查前充分告知病史，不要帶金屬物品進去檢查室，聽從醫生的建議。
做核磁共振一般沒有明顯副作用，核磁共振不同於CT，成像不依靠倫琴射線，故而不會產生射線相關副作用。核磁共振成像原理是不同分子對於磁場的順應性不同，病人行核磁共振檢查前需要注意不能攜帶金屬物品進入檢查室，尤其是鋼、鐵等。對於有金屬植入物的病人，需要明確金屬性質，若為鈦金屬，則可行核磁共振檢查，有其它金屬則不能進行核磁共振檢查。
需要明確病人可否堅持10-15分鐘完成檢查，有些生命體徵不平穩，甚至是呼吸機輔助呼吸的病人，進行此項檢查風險比較高。有心理障礙的病人不能行此項檢查，比如有幽閉恐懼症的病人。