由於副睪丸結核的病因非常明確，主要是由結核菌感染所致，因此，控制結核桿菌感染是治療副睪丸結核的主要方法。病人可以在醫生指導下應用抗結核藥物，如異菸鹼醯肼錠、利福平、匹井梭安錠等。肺結核通常需要治療半年到9個月以上，而對於生殖系統的結核，則可能需要更長的治療時間。
由於副睪丸結核常常會導致局部的血液循環較差，病人可以通過局部熱敷、服用活血化瘀藥物（如當歸四逆湯、陽和湯、桃紅四物湯）等方法，來改善副睪丸局部的血液循環，以促進疾病恢復。
副睪丸結核病人平時要注意清淡飲食，避免過度辛辣、刺激的食物，嚴禁酗酒，注意休息，避免過度勞累，還可以在醫師指導下托起陰囊，這對副睪丸結核具有很好的輔助治療效果。
如果副睪丸結核比較嚴重，形成膿腫或竇道，或者經過保守治療效果不佳，則可考慮進行手術治療，必要時切除副睪丸。
男性生殖系統結核中，以副睪丸結核最為常見。副睪丸結核一般繼發於腎結核，因為腎臟的結核菌下行感染至副睪丸可導致副睪丸結核。
抗結核藥物的全身治療為治療副睪丸結核的首選方法，即服用異菸鹼醯肼錠、利福平、醫肺必妥錠、匹井梭安錠等藥物進行治療。
對於治療效果不佳，或者病情嚴重的病人，比如局部出現較大膿腫，進而出現局部破潰，並形成竇道的病人，則可能需要進行外科的治療，即進行副睪丸的切除手術。手術治療之前，病人應首先選擇全身用藥，進行一段時間的抗結核治療，將術中結核菌播散的風險降至最低。治療之前，病人應進行抽血化驗，化驗紅血球沉降率、C反應蛋白等炎症指標，並進行評估。如果病人併發其它細菌感染，則需要於控制感染之後，進行手術治療。
通過手術切除病灶之後，治療仍未結束，病人仍然需要堅持全身抗結核治療，並且至少應達到半年以上。
整個泌尿生殖系統的結核，絕大部分都是由肺結核而來。然後肺結核最後影響到泌尿系統，絕大部分是由腎結核，然後最後引起尿路生殖系統、泌尿生殖系統，其他部位比如輸尿管結核、膀胱結核，比如副睪丸結核、攝護腺結核、精囊結核等。
結核菌的來源，多數是由於肺結核。肺結核經過藥物治療得到控制，穩定以後這個結核菌未必就是完全消失，完全都已經清除，實際情況，結核菌經常還是在身體內存在，然後在身體機體抵抗力低下的時候，結核菌可能會發生遷徙。
可能會引起泌尿生殖系統的感染，這個時候感染隨著尿液也好，隨著血液也好，就可能會到達腎臟，到達睪丸、副睪丸或者是攝護腺。就會引起這些部位相應的結核感染，包括副睪丸結核，一般都是這個途徑來源。
抗結核治療是副睪丸結核的治療基礎，藥物治療原則包括初期、規律、全程、適量和聯合用藥，分為強化和鞏固兩個階段。標準治療方案一般是指用藥12-18個月的化療療程，建議療程為18個月。如果形成副睪丸膿腫，膿腫潰破後形成竇道，可定期換藥，局部注射抗結核藥物、引流。部分副睪丸結核病人抗結核治療效果不顯著，可行手術切除副睪丸，合併感染者可加強抗感染治療。