蛀牙裡面黑色的物質，在專業名稱上稱之為腐敗壞死物質，簡稱為腐質。其中有大量的食物殘渣、細菌，還有一些牙齒的有機物質。蛀牙的產生是由於口腔內的細菌致蛀菌分解食物中殘留的糖分產生的酸，酸對牙齒的硬組織產生破壞，造成硬組織的崩塌，最終造成蛀牙的發生。
硬組織崩塌以後，有機質和食物殘渣、細菌混合在一起，再加上有些食物中的色素，進而導致黑色的物質的出現。黑色的腐質的存在是造成蛀牙進一步發展的罪魁禍首，所以在進行蛀牙和蛀牙的治療的時候，一般第一項就是要徹底的去除腐質，完善的將裡面的細菌和食物殘渣清潔乾淨。只有這樣才能保證補牙以後，細菌不會沿著新的方向進一步的發展，造成更嚴重的問題。
所以在蛀牙的治療的時候，要十分小心、十分認真的去除腐質，進行局部的消毒清潔，然後再進行局部備洞成形，最後再牙科材料對缺損的組織，進行良好的恢復，所有的這些都完成以後，蛀牙的治療就完善了。蛀牙在裡面看到的黑色的物質，對牙齒有害無益，在治療的時候必須徹底切除。
牙齒蛀牙變黑，如果是智齒、多生牙或錯位牙齒，判斷後沒有保留價值，則在病人沒有拔牙禁忌證的情況下可以將牙拔處。如果是正常牙列中的牙齒，具有保留意義，一定要積極治療、儘量保留。蛀牙如果是淺蛀、中蛀，甚至是深蛀，可以用樹脂充填，或者在墊底的情況下，將洞充填即可。如果牙深蛀在備牙時傷及神經，或本身蛀牙已經累及牙神經，引起牙髓炎或根尖周炎時就需根管治療。
根管治療是指將牙齒磨開、拔掉牙神經，然後根管擴大、消炎，再將根管填實即可。殺完牙神經的牙齒沒有營養支持、比較脆，咬硬物時容易劈裂。另外沒有牙神經的牙齒容易變色，例如顏色變黑、變暗，如果是在門牙，可能對美觀影響較大。因此臨床建議，根管治療後需做烤瓷牙，將治療後的牙齒包裹，一方面起保護作用，另一方面也可以恢復牙齒的缺損和顏色。