腦積水引流手術的後遺症最常見的是頭痛和頭暈的表現，往往見於腦積水應用的引流裝置，為固定、無法調壓的裝置，如果在手術的過程當中不設定好，基本上在後期都有可能出現頭暈和頭痛。因此建議病人選用相對比較高級別的引流裝置，屬於可以調壓設備，這樣可以有效的緩解這種情況的發生。
還可能發生顱內感染，畢竟引流管是異物，長期的放置在顱腔內非常有可能造成感染，因此建議病人一定在平常日注意清潔，增強自身體質。如果有體溫高熱的情況，一定要及時去醫院進行就診。
還可能出現癲癇的表現，因為腦積水引流手術放置管路，有可能在顱內刺激某些特殊異常部位，從而產生異常放電的過程而引起癲癇，但是後期也可以通過相應的藥物處理。如果持續不見好轉，則需要拔除引流裝置。
腦積水引流手術一般只用作臨床上臨時緩解腦積水的症狀，特別是那些腦脊髓液裡邊還有血液成分或者蛋白含量、白血球含量過高的病人，難以在短時間內進行腦積水分流手術的病人的一種臨時措施。如果引流時間過久，病人常會發生顱內感染。
所以腦積水病人在進行腦部引流之後，腦脊髓液基本恢復正常之後，應該儘早拔出引流管改為腦室腹腔分流，這種持續的腦脊髓液引流的方法。當然在進行腦脊髓液分流之後，病人仍然有發生感染，分流泵或分流管阻塞等一系列併發症和後遺症的風險。同時腦脊髓液引流過度，也可以造成硬膜下出血、裂隙腦室症候群一系列的併發症。
做腦室腹腔引流術後大部分病人的腦積水會得到明顯的改善，症狀會明顯減輕或者消失，預後良好。但是有少部分病人術後會出現一些併發症，比如腦積水引流過度出現腦萎縮，會出現智力低下、行為異常、性格的改變，甚至出現緘默、精神症狀等。如果引流管出現阻塞，病人的腦積水會復發，病人會出現頭痛、噁心、嘔吐、行走不穩等腦積水的症狀。
如果出現了感染，會形成顱內的膿腫，嚴重時會危及生命，感染後也需要拔除引流管，否則感染會遷移不愈。還有腹腔的併發症，引流管一端要放在腹腔里，容易導致腸穿孔、腸沾黏、腸阻塞等併發症。
腦積水引流手術是歷史悠久又非常成熟的手術，屬於微創手術，手術本身不會出現後遺症。如果病人出現手術後遺症，一定是出現了手術的併發症，比如術後感染、穿刺部位的損傷或者其他意外情況。
如果病人出現了手術後的感染，病人的腦積水情況不但不能減輕，反而會加重，但是大部分感染通過抗炎治療或拔除引流管後可以得到很好的控制。對於穿刺部位的損傷，病人可能會出現腦出血、腹腔臟器破裂、腸破裂、氣胸等情況，但相對非常罕見。如果出現穿刺部位的損傷，病人經過積極的治療也能得到很好的治癒，很少會出現後遺症的情況。