臨床上引起腳指頭腫痛的原因，主要包括以下幾點：
外傷，由於腳趾比較突起，在平時工作生活中，容易踢到一些硬物，或者被砸傷或者擠壓傷等等，外傷情況下，可以引起外傷部位腳指頭出現反應性的炎症，出現腫脹、疼痛以及功能受限等等，大多數有明顯的外傷史，需要指出，如果腫脹較為明顯，並且出現了明顯的疼痛，應該當期除外有無腳趾骨折的可能性，所以必要時應及時去醫院就診，進行拍片檢查，以明確有無腳趾的骨折等等。
骨關節炎，一般多常見於中老人，主要是由於關節軟骨的蛻變增生，或者軟骨的磨損等，誘髮腳趾關節處無菌性的炎症，在炎症的情況下，出現紅、腫、熱、痛等不同的表現，一般來說與走路過多、受涼等因素相關，口服非類固醇類抗炎鎮痛藥物，和局部的休息、理療，大多數可以獲得緩解。
代謝性的關節炎，如在腳指頭腫痛裡邊最常見的代謝性疾病，就是痛風性的骨關節炎，如腳趾形成尿酸結晶的沉積，而誘發無菌性的炎症，痛風一般好發於中青年人，常與飲酒、吃海鮮等相關，疼痛突然會發作，程度較為劇烈，可以有明顯的紅腫，如果既往有尿酸增高病史，一般來說可以考慮此類疾病。
腳趾頭腫痛最常見原因是走路太多、鞋太軟、鞋底太薄，走多了以後導致腳趾頭的疲勞性炎症、軟組織炎症，導致腫痛。當然也要除外有沒有別的原因，有些人可能在走路過程中、運動過程中，腳趾頭可能受力、有外傷，有可能是因為外傷引起腳趾頭裡邊的淤血、腫脹，或者有些指甲會出現指甲的下方出血，也會引起腳趾頭的腫痛。
當然，還有一種可能就是有些人腳本身有腳癬，在扣趾甲過程中有可能導致腳趾頭感染，導致腳趾頭腫痛，紅、腫、熱、痛可能比較厲害。當然，還有一些其它病因，像痛風性關節炎，痛風性關節炎會導致大腳趾的第一個跖趾關節出現腫痛，有些炎症的蔓延，蔓延開了也可以導致腳趾頭腫痛。還有腳趾頭的骨關節病，本身腳趾的地方發生嚴重的骨關節病可能引起回流受阻，也會引起腫痛。還有椎間盤突出、下肢靜脈栓塞也可能引起腳趾頭腫痛。