牙瘺管可能在一定階段會自動癒合，但當身體抵抗力降低或者炎症再次發作時，瘺管又會生出。瘺管多是牙根部有炎症，長時間得不到處理後，炎症在牙根底部形成擴散，最後通過牙槽骨在黏膜表面形成竇道，有膿液時就通過瘺管、竇道排出來。
有時當炎症退除後，瘺管可能會癒合，但當身體抵抗力低下或者炎症再次發作時，瘺管又會再次出現。如果反覆出現，應該對牙齒拍攝X光片，看根尖是否有炎症，如果炎症存在，要判斷是否進行開髓的根管治療。當炎症消退後，瘺管會自然消退，但有的炎症發作劇烈，可能需要做拔牙處理，拔除牙齒以後對牙槽窩進行徹底搔刮，炎症、竇道才會得到徹底好轉。
牙齒瘺管提示有炎症，需要尋找感染的來源，進行處理。如果不進行處理，不同的疾病，可能會有不同的後果。
慢性根尖炎引起的牙齒瘺管，不治療可能會急性發作，表現為急性根尖周炎，引起明顯的疼痛。慢性根尖炎也會逐步發展為根尖囊腫，甚至引起骨髓炎。如果是根尖囊腫，可能需要手術刮掉囊腫，如果是骨髓炎，後期處理較困難。所以慢性根尖炎，需及時治療。
如果炎症擴散到至6號牙位置，即第一磨牙，但是超音波發現瘺管來源於智齒，需考慮拔掉智齒，否則瘺管也會反覆發炎，嚴重時也會引起骨髓炎。
頜骨腫物繼發感染，比如頜骨囊腫、角化囊腫，囊腫不治療會一直生長，導致骨頭吸收，嚴重時會引起骨折，甚至需要截骨。
出現牙齦瘺管，一定要及時檢查，必要時拍片明確診斷，採取針對性的治療措施。
牙齒出現瘺管持續不治療，會導致根尖周的病變越來越大，可能會出現根尖的囊腫，如果骨質吸收越來越大，最後牙齒會出現鬆動、脫落。如果發生在個別牙位，例如上頜第一前磨牙、第二前磨牙或者第一磨牙，根尖與上頜竇底位置比較近，如果病變持續擴大，有可能會累及到上頜竇，導致上頜竇的炎症。
如果牙齒最終需要拔除，還有可能會出現上頜竇瘺，所以如果患牙出現瘺管，一定要儘快去治療，將感染的牙髓去除乾淨後進行消毒封藥，然後再進行根管充填，控制住感染，防止根尖周牙槽骨的持續吸收。