陰莖上的黑斑可能是因為色素沉澱、淤血等原因導致。男性的陰莖皮膚像全身其他部位的皮膚一樣，容易出現色素沉澱或者長黑色素痣，是一種非常常見的現象。臨床上主要表現為陰莖皮膚上有黑斑或者長痣一樣的物體，不伴有疼痛、搔癢等其他臨床症狀，不需要特殊處理。
另外，長期頻繁的性生活或者有暴力的手淫習慣病人，可能使陰莖皮膚受到損傷、局部充血、血液循環障礙，會導致局部形成黑斑，局部會出現發腫、發紅、疼痛的現象，需要戒除頻繁手淫以及頻繁的性生活和預防炎症感染處理，等淤血消退後黑斑能夠消失。如果陰莖黑斑短時間內快速增長，要及時就醫預防黑色素瘤的可能。
男性隨著年齡的不斷增加，局部會有色素沉澱的情況，從而表現為陰莖上有黑斑，此時如果不影響生活可以不進行治療，如果覺得影響美觀，可以通過雷射治療。
如果在進行手動的時候用力較大，或者是經常穿緊身的褲子導致陰莖磨損，可出現局部淤血，從而表現為局部黑斑。可以使用雲南白藥、活血通脈膠囊等藥物改善症狀。
還有頻繁性生活、過度手動等會引起局部血液循環障礙，導致陰莖皮膚受損，形成局部的黑斑。可以使用複方丹參片、血府逐瘀口服液等藥物改善症狀。
還可能是慢性龜頭炎，慢性龜頭炎與包皮過長、清洗頻繁等有關，慢性的炎症刺激便會引起局部色素沉澱，表現為局部黑斑。可以根據醫生指導使用羅紅黴素、甲硝唑等藥物治療。
此外，色素代謝異常、黑色素瘤等也會出現該症狀，如果長期存在該症狀，並伴有其他不適，建議及時前往醫院泌尿外科就診，明確病因後積極治療。